Vilniaus m. Krišnos sąmonės religinė bendruomenė buvo užregistruota 1989 m. gruodžio mėn., Kauno m. religinė bendruomenė užregistruota 1990 m. kovo mėn. Kadangi duomenys apie pirmąją registraciją LR Vyriausybėje prapuolė 1990 m. sumaišties metu, priėmus naują Religinių Bendrijų ir Bendruomenių įstatymą 1995 m. Vilniaus ir Kauno m. religinės bendruomenės persiregistravo Teisingumo ministerijoje 1996.06.12 ir 1996.09.02 atitinkamai. Savo laiku buvo užregistruotos taip pat Klaipėdos m. Krišnos sąmonės religinė bendruomenė, Šiaulių m. Krišnos sąmonės religinė bendruomenė ir Visagino m. Krišnos sąmonės religinė bendruomenė. Nusprendus, jog Lietuvoje užtenka 2 centrų: Vilniuje ir Kaune, kitų miestų Krišnos sąmonės religinių bendruomenių registracija buvo nepratęsta.

Šiuo metu Krišnos sąmonės bendruomenės neturi sukūrę Lietuvos Krišnos sąmonės religinės bendrijos ir artimu metu neplanuoja to daryti, todėl atskiros bendruomenės Vilniuje ir Kaune turi juridinio asmens statusą.